Cette église fut probablement construite au cours de XIIème siècle par les bénédictins du monastère de Sainte-Énimie. En 1237, il est attesté qu’elle dépendait du Chapitre de Mende.
L’édifice a connu des successions de travaux au cours du temps, ce qui ne facilite pas sa datation exacte. Habituellement, lors de la construction d’une église, les travaux commençaient toujours par le cœur de façon à avoir le plus rapidement possible un lieu de cérémonie.
L’église est de style roman, c’est-à-dire qu’elle présente des caractéristiques architecturales inspirées des édifices romains. La nef est voûtée en berceau et des arcs doubleaux qui reposent sur des pilastres. Le poids du bâtiment est ainsi réparti équitablement, toutefois, le nombre d’ouvertures est réduit afin de garantir une stabilité des murs. Le chœur de l’église est composé d’une abside centrale flanquée de deux absidioles. À l’extérieur, le bâtiment est renforcé d’un contrefort pour la partie ouest.
Le presbytère fut édifié entre le XVIIème et XVIIIème siècle et le chevet de l’église fut complété d’une sacristie avant 1827. En 1859, la chapelle nord (dédiée aux martyrs de La Malène) fut construite afin d’inhumer les victimes, soient les restes des 21 Malènais exécutés à la Révolution.
Le 10 Août 1928, l’église est classée aux Monuments Historiques.
Au cours des années 1998 et 2001 la commune organise des restaurations de l’édifice, les murs sont renforcés et la couverture est remise en état.
Luis Tristan ( Tolède, vers 1585) la Malène, église Saint-Jean-baptiste 
Une œuvre digne des grands musées à La Malène
Un tableau exceptionnel du XVIIème siècle, « Saint Jérôme lisant » du peintre espagnol Luis Tristan de Escamilla (1586-1624, élève d’El Gréco) est exposé dans la nef.
Le tableau de l’église de La Malène, est une œuvre de Luis Tristán, un peintre espagnol de la ville de Tolède. Lors de son apprentissage, il fut l’assistant de Domenikos Theotokopoulos, dit El Greco, un artiste renommé.
Actuellement en France, le musée du Louvre est le seul à détenir des œuvres de Luis Tristán. De fait de sa rareté, le tableau la Malène est de très grande importance.
Sa présence dans la commune est un mystère, on peut seulement émettre des hypothèses (pillage lors de guerres espagnoles ?). Le couvent de Tolédan des Jérónimas de San Pablo possède une copie de cette œuvre, il semblerait que le tableau de la Malène soit l’original.
L’œuvre est intitulée « Saint Jérôme dans son étude », représente le savant assis à une table de travail consultant un ouvrage. Cette scène fait un rappel du caractère érudit de Jérôme de Stridon (ver 342-420), un excellent traducteur. Les objets disposés sur la table, comme les livres, le couteau à papier, la plume et l’encrier, symbolisent le côté intellectuel du personnage. Le sablier, le crâne humain et la croix reflètent sa vie de religieux ermite et de pénitent. Ici, Jérôme de Stridon est habillé de l’insigne distinctif des cardinaux, dite la pourpre cardinalice, alors qu’il ne fut jamais cardinal.
En 2000, le Conseil général de la Lozère lance le recensement du patrimoine mobilier public sur le département. Cet inventaire a permis de découvrir des biens méconnus, oubliés et qui pour certain représentent une valeur inestimable. Beaucoup de ces mobiliers sont situés dans les églises. Isabelle Darnas, Conservatrice des Antiquités et Objets d’Art de la Lozère, était en charge de prospecter l’église de La Malène. Le tableau était entreposé dans le grenier du presbytère et était très endommagé : trois déchirures, craquelures et détériorations des pigments.
Il fut expertisé par un conservateur du musée du Louvre et fut identifié en 2004. L’œuvre fut classée aux monuments historiques en 2008 et a été restaurée en 2010. Elle est aujourd’hui exposée dans l’église, probablement le lieu qu’elle occupait autrefois.
